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PROT'ICO - Plateforme Oncoprotéomique
Présentation
Pôle
Institut de Cancérologie de l'Ouest (ICO)
Présentation
La progression tumorale résulte de mécanismes complexes d’interactions variées entre les cellules dérégulées et leur environnement tissulaire, immédiat ou distant. La compréhension de l’ensemble de ces mécanismes permettra d’envisager l’usage de nouvelles molécules thérapeutiques mieux ciblées, mais aussi de mieux comprendre la réponse cellulaire à ces molécules.
Nous mettons en œuvre des moyens de pointe pour identifier les protéines « marqueurs » impliquées dans ces interconnections au travers d’outils d’analyse dédiés et appuyés par une grande expertise disponible au sein de l’équipe.
L’équipe est composée d’un assemblage pluridisciplinaire de scientifiques et de cliniciens ayant des compétences complémentaires dans plusieurs disciplines, qui permet de combiner recherche fondamentale et translationnelle.
En 2023 l’unité se subdivise en deux entités à bénéfice mutuel : la structure recherche et la structure plateforme Prot’ICO, bien distinctes.
Les progrès rapides dans le domaine de la spectrométrie de masse et des logiciels d’apprentissage automatique en analyse des données permettent d’appréhender le protéome plasmatique (circulant), extracellulaire et cellulaire jusqu’au niveau subcellulaire en prenant en compte de la dimension temporelle. Ces progrès permettent une meilleure compréhension des aspects fonctionnels et dynamiques du développement tumoral, et permettent dès à présent d’envisager l’analyse de très faibles quantités d’échantillon, jusqu’à la cellule isolée, un idéal encore difficile à atteindre. Sur le plan méthodologique, ces travaux portent aussi bien sur des fluides biologiques (pour la recherche de marqueurs circulants) que sur des lignées cellulaires en culture ou des coupes de tissus (issues de collection expérimentale sur modèles tumoraux animaux ou provenant de patients). Dans ces deux derniers cas, les objectifs visent à identifier, au niveau subcellulaire in vitro, des marqueurs d’invasion tumorale ciblés spécifiquement par des traitements, ou des modifications des composantes du microenvironnement tumoral apportées par des molécules agissant simultanément sur plusieurs cibles / voies de signalisation in vivo.
Sur un plan plus fondamental, l’équipe cherche à comprendre les mécanismes d’échappement à la sénescence induits par les traitements, avec l’hypothèse où certains facteurs solubles et leurs récepteurs exprimés par les cellules cancéreuses joueraient un rôle dans la reprogrammation de clones plus agressifs sélectionnés par les traitements. En lien avec cette plus grande agressivité, certains travaux portent également sur le rôle de la transition épithélio-mésenchymateuse au cours de la tumorigenèse, et de la reprogrammation métabolique des mitochondries.
Responsable(s)
François Guillonneau
Secteurs d'activité
Prot’ICO : la plateforme de mutualisation en prestation/collaboration protéomique de l’ICO ouverte à l’extérieur
En 2022 L’unité Oncoprotéomique s’est équipée d’un ensemble d’appareils d’analyse haute sensibilité et haut débit capable de répondre aux besoins de l’équipe et au-delà. Il a donc été décidé de le mutualiser en mettant en commun le temps disponible d’analyse afin de permettre aux autres équipes académiques ou privées externes d’utiliser les appareillages sous réserve d’examen préalable de l’adéquation entre la demande et les moyens matériels et humains disponibles. La structure mutualisée a pris le nom de Prot’ICO elle vient juste d’être labelisée par le GIS Biogenouest dans son axe « Protéome » et fait actuellement une demande de labellisation par le GIS Infrastructure en Biologie Santé Agronomie (IBiSA) dont le résultat sera connu fin 2025. Elle structure actuellement son organisation pour répondre au plus grand nombre dans le respect de la démarche qualité suivant le référentiel ISO9001.
Toute demande d’analyse ou de devis doit transiter par l’adresse mail labo.proteomique @ ico.unicancer.fr.
Les experts doivent être sollicité en amont de la préparation des échantillons. Les conseils de préparation ainsi que les tarifs académiques en collaboration ou prestation sont disponibles auprès de l’équipe.
En illustration : la chaine nano chromatographique couplée au dispositif de spectrométrie de masse en mobilité ionique-Quadrupôle – TOF dédiée aux analyses protéomiques à haut débit.
Membres du laboratoire
Gouvernance
La plateforme est régie par un comité de pilotage composé des responsables de la plateforme, des responsables direction recherche et direction médicale de la recherche, des représentants qualité et de représentants utilisateurs à l’occasion des réunions stratégiques. Il se réunit 2 à 4 fois l’an selon l’opportunité et les échéances. Le comité de pilotage peut être amené à solliciter son comité de 3 experts scientifiques pour apporter un point de vue extérieur, notamment sur les stratégies scientifiques, les moyens nécessaires aux demandes conséquentes et les investissements technologiques envisagés.
- Catherine Guette, Ph.D. in Chemistry, ICO researcher & CRCI2NA INSERM team 7-associated researcher
- François Guillonneau, Ph.D. in Life Sciences, ICO researcher & CRCI2NA INSERM team 7-associated researcher
- Benjamin Barré, Ph.D. in Life Sciences, associate professor in Biochemistry, Université Angers
- Anne Patsouris, MD oncology, Ph.D. in Life Sciences, ICO
- Alice Boissard, Technician, Proteomics, ICO
- Cécile Henry, Technician, Proteomics, ICO
- Juliette Trahan, Qualiticienne ICO, financement région Pays de la Loire
Adresse web
https://www.institut-cancerologie-ouest.com/lunite-oncoproteomics-unit
Thèmes de recherche
Thèmes de recherche / expertise
Projet développement / recherche
Le projet EPICURE se décline sur plusieurs organes : sein, poumon et prostate. Il s’agit d’un projet associant une douzaine d’unités de production de données de type multi « omiques » qui permettra de constituer une base de données de type « holomique » de ces différents cancers métastatiques. Ce projet a pour but d’établir un prédicteur d’évolution de la maladie en fonction des traitements médicaux et éventuellement d’adapter plus finement ceux-ci. Le premier projet EPICURE a porté sur le cancer du sein métastatique et est présenté dans cet article et sur https://projet-epicure.fr. Le projet EPICURE poumon débutera début 2023.
Projets recherche propre
Au niveau de notre structure de recherche, l’Unité d’Oncoprotéomique de l’ICO souhaite devenir le centre de référence français d’étude des tumeurs par des approches protéomiques. Nous souhaitons constituer une base de données d’expression protéique de tissus tumoraux qui serait abritée par un site ICO et consultable par la communauté scientifique, ce qui contribuerait à la lisibilité de nos travaux. Grâce aux données que nous produisons, nous souhaitons caractériser des marqueurs de progression tumorale et d’échappement aux traitements, susceptibles de participer à une meilleure prise en charge des patients.
Projet développement plateforme Prot'ICO
L'évolution des appareillages nous permet d'envisager rapidement passer d'un mode « classique » de préparation manuelle de dizaines de microgrammes de protéines encore manipulables à la main, à moins du nanogramme, représenté par une poignée de cellules. Dans cette optique, nous déposons plusieurs demandes de cofinancement pour acquérir le matériel nécessaire à la manipulation de nanovolumes. Cela nous permettra de mettre à portée des équipes de recherche les données d’expressions protéiques extraites par exemple de quelques cellules d'une biopsie à faible cellularité qui auraient auparavant été écartées, ou encore d’une population cellulaire rare porteuse d'un marqueur tagué.
En effet, le TimsTOFpro2 et deux chromatographes de pointe déjà accessibles sur la plateforme rendent ces objectifs atteignables, mais nous devons disposer de la technologie de prélèvement, de comptage, de digestion et de chargement -sans pertes- d'aussi faibles quantités de cellules.
Ce projet d’équipement et de développement méthodologique porterait des fruits qui bénéficieront à la communauté scientifique. Cela mettrait en lumière un dispositif unique dans une structure CRLCC afin de s'affirmer au sein des infrastructures nationales.
Au-delà, à 2 ou 3 ans, avec des protocoles robustes mis en place, nous anticipons que la prochaine génération de spectromètres comblera alors le mince gap nous séparant de l'analyse protéomique de la cellule isolée. Un concept qui prêtait encore à sourire il y a moins de 5 ans, sérieusement envisagé désormais et que nous souhaiterions être parmi les premiers à mettre en œuvre.
Publications
Titre : Publications des membres de l’Unité Oncoproteomique/Prot’ICO au cours des 5 dernières années :
https://www.institut-cancerologie-ouest.com/publications-de-lunite-oncoproteomics
1. Clavreul A, Guillonneau F, Blanchet O, Lasla H, Rousseau A, Guette C, Boissard A, Henry C, Dhondt M, Jézéquel P, Menei P, Lemée JM.
A DIA-MS-based proteomics approach to find potential serum prognostic biomarkers in glioblastoma patients.
Mol Oncol. 2025 Jun 15. doi: 10.1002/1878-0261.70068. Epub ahead of print. PMID: 40517318.
2. Réthoré L, Guihot AL, Grimaud L, Proux C, Barré B, Guillonneau F, Guette C, Boissard A, Henry C, Cayon J, Perrot R, Henrion D, Legros C, Legendre C.
A Novel Function of NaV Channel β3 Subunit in Endothelial Cell Alignment Through Autophagy Modulation.
FASEB J. 2025 Jun 15;39(11):e70663. doi: 10.1096/fj.202401558RR. PMID: 40445729; PMCID: PMC12124425.
3. Bourreau C, Navarro E, Cotinat M, Krejbich M, Guillonneau F, Guette C, Boissard A, Henry C, Corre I, Treps L, Clere N.
Secretomes From Non-Small Cell Lung Cancer Cells Induce Endothelial Plasticity Through a Partial Endothelial-to-Mesenchymal Transition.
Cancer Med. 2025 Mar;14(5):e70707. doi: 10.1002/cam4.70707. PMID: 40028673; PMCID: PMC11873768
4. Champion O, Maïga S, Antier C, Dousset C, Moreau-Aubry A, Bellanger C, Guillonneau F, Descamps G, Moreno JA, Kwon O, Lilli NL, Moreau P, Chiron D, Pellat-Deceunynck C, Touzeau C, Gomez-Bougie P.
VDAC2 primes myeloma cells for BAK-dependent apoptosis and represents a novel therapeutic target.
Leukemia. 2025 Apr;39(4):995-1000. doi: 10.1038/s41375-025-02523-8. Epub 2025 Feb 6. PMID: 39915649; PMCID: PMC12075796.
5. Coquelet H, Leman G, Maarouf A, Petit C, Toutain B, Henry C, Boissard A, Guette C, Lelièvre E, Vidi PA, Guillon J, Coqueret O.
A non-canonical role for the tyrosyl tRNA synthetase: YARS regulates senescence induction and escape and controls the transcription of LIN9.
FEBS J. 2025 Jan 5. doi: 10.1111/febs.17381. PMID: 39756023
6. Clavreul A, Guette C, Lasla H, Rousseau A, Blanchet O, Henry C, Boissard A, Cherel M, Jézéquel P, Guillonneau F, Menei P, Lemée JM.
Proteomics of tumor and serum samples from isocitrate dehydrogenase-wildtype glioblastoma patients: is the detoxification of reactive oxygen species associated with shorter survival?
Mol Oncol. 2024 Nov;18(11):2783-2800. doi: 10.1002/1878-0261.13668. PMID: 38803161
7*. Fraering J, Salnot V, Gautier EF, Ezinmegnon S, Argy N, Peoc'h K, Manceau H, Alao J, Guillonneau F, Migot-Nabias F, Bertin GI, Kamaliddin C; NeuroCM consortium.
Infected erythrocytes and plasma proteomics reveal a specific protein signature of severe malaria.
EMBO Mol Med. 2024 Feb;16(2):319-333. doi: 10.1038/s44321-023-00010-0. PMID: 38297098.*
8*. Murigneux E, Softic L, Aubé C, Grandi C, Judith D, Bruce J, Le Gall M, Guillonneau F, Schmitt A, Parissi V, Berlioz-Torrent C, Meertens L, Hansen MMK, Gallois-Montbrun S.
Proteomic analysis of SARS-CoV-2 particles unveils a key role of G3BP proteins in viral assembly.
Nat Commun. 2024 Jan 20;15(1):640. doi: 10.1038/s41467-024-44958-0. PMID: 38245532
9. Winter M, Nait Eldjoudi A, Guette C, Hondermarck H, Bourette RP, Fovez Q, Laine W, Ghesquiere B, Adriaenssens E, Kluza J, Le Bourhis X.
Mitochondrial adaptation decreases drug sensitivity of persistent triple negative breast cancer cells surviving combinatory and sequential chemotherapy.
Neoplasia. 2023 Dec;46:100949. doi: 10.1016/j.neo.2023.100949. PMID: 37956532
10*. Kervarrec T, Appenzeller S, Tallet A, Jullie ML, Sohier P, Guillonneau F, Rütten A, Berthon P, Le Corre Y, Hainaut-Wierzbicka E, Blom A, Beneton N, Bens G, Nardin C, Aubin F, Dinulescu M, Visée S, Herfs M, Touzé A, Guyétant S, Samimi M, Houben R, Schrama D.
Detection of wildtype Merkel cell polyomavirus genomic sequence and VP1 transcription in a subset of Merkel cell carcinoma.
Histopathology. 2024 Jan;84(2):356-368. doi: 10.1111/his.15068. PMID: 37830288 *
11*. Yoganathan T, Perez-Liva M, Balvay D, Le Gall M, Lallemand A, Certain A, Autret G, Mokrani Y, Guillonneau F, Bruce J, Nguyen V, Gencer U, Schmitt A, Lager F, Guilbert T, Bruneval P, Vilar J, Maissa N, Mousseaux E, Viel T, Renault G, Kachenoura N, Tavitian B.
Acute stress induces long-term metabolic, functional, and structural remodeling of the heart.
Nat Commun. 2023 Jun 28;14(1):3835. doi: 10.1038/s41467-023-39590-3. PMID: 37380648 *
12. Pouliquen DL, Ortone G, Rumiano L, Boissard A, Henry C, Blandin S, Guette C, Riganti C, Kopecka J.
Long-Chain Acyl Coenzyme A Dehydrogenase, a Key Player in Metabolic Rewiring/Invasiveness in Experimental Tumors and Human Mesothelioma Cell Lines.
Cancers (Basel). 2023 Jun 3;15(11):3044. doi: 10.3390/cancers15113044. PMID: 37297007.
13*. Radwanska M, de Lemos Esteves F, Linsen L, Coltel N, Cencig S, Widart J, Massart AC, Colson S, Di Paolo A, Percier P, Ait Djebbara S, Guillonneau F, Flamand V, De Pauw E, Frère JM, Carlier Y, Truyens C.
Macrophage-infectivity potentiator of Trypanosoma cruzi (TcMIP) is a new pro-type 1 immuno-stimulating protein for neonatal human cells and vaccines in mice.
Front Immunol. 2023 Mar 23;14:1138526. doi: 10.3389/fimmu.2023.1138526. PMID: 37033946 *
14*. Yedji RS, Sohm B, Salnot V, Guillonneau F, Cossu-Leguille C, Battaglia E.
First Identification of a Large Set of Serine Hydrolases by Activity-Based Protein Profiling in Dibutyl Phthalate-Exposed Zebrafish Larvae.
Int J Mol Sci. 2022 Dec 16;23(24):16060. doi: 10.3390/ijms232416060. PMID: 36555700 *
14*. Caulier A, Jankovsky N, Gautier EF, El Nemer W, Guitton C, Ouled-Haddou H, Guillonneau F, Mayeux P, Salnot V, Bruce J, Picard V, Garçon L.
Red blood cell proteomics reveal remnant protein biosynthesis and folding pathways in PIEZO1-related hereditary xerocytosis.
Front Physiol. 2022 Dec 1;13:960291. doi: 10.3389/fphys.2022.960291. PMID: 36531183. *
15. Pouliquen DL, Malloci M, Boissard A, Henry C, Guette C.
Proteomes of Residual Tumors in Curcumin-Treated Rats Reveal Changes in Microenvironment/Malignant Cell Crosstalk in a Highly Invasive Model of Mesothelioma.
Int J Mol Sci. 2022 Nov 8;23(22):13732. doi: 10.3390/ijms232213732. PMID: 36430209.
16. Pouliquen DL, Boissard A, Henry C, Coqueret O, Guette C.
Curcuminoids as Modulators of EMT in Invasive Cancers: A Review of Molecular Targets With the Contribution of Malignant Mesothelioma Studies.
Front Pharmacol. 2022 Jul 8;13:934534. doi: 10.3389/fphar.2022.934534. PMID: 35873564
17*. Choublier N, Taghi M, Menet MC, Le Gall M, Bruce J, Chafey P, Guillonneau F, Moreau A, Denizot C, Parmentier Y, Nakib S, Borderie D, Bouzinba-Segard H, Couraud PO, Bourdoulous S, Declèves X.
Exposure of human cerebral microvascular endothelial cells hCMEC/D3 to laminar shear stress induces vascular protective responses.
Fluids Barriers CNS. 2022 Jun 3;19(1):41. doi: 10.1186/s12987-022-00344-w. PMID: 35658915. *
18. Guillon J, Coquelet H, Leman G, Toutain B, Petit C, Henry C, Boissard A, Guette C, Coqueret O.
tRNA biogenesis and specific aminoacyl-tRNA synthetases regulate senescence stability under the control of mTOR.
PLoS Genet. 2021 Dec 20;17(12):e1009953. doi: 10.1371/journal.pgen.1009953. PMID: 34928935
19. Maarouf A, Boissard A, Henry C, Leman G, Coqueret O, Guette C, Lelièvre E.
Anterior gradient protein 2 is a marker of tumor aggressiveness in breast cancer and favors chemotherapy‑induced senescence escape.
Int J Oncol. 2022 Jan;60(1):5. doi: 10.3892/ijo.2021.5295. Epub 2021 Dec 16. PMID: 34913074; PMCID: PMC8727137.
20*. Zinni M, Pansiot J, Colella M, Faivre V, Delahaye-Duriez A, Guillonneau F, Bruce J, Salnot V, Mairesse J, Knoop M, Possovre ML, Vaiman D, Baud O.
Impact of Fetal Growth Restriction on the Neonatal Microglial Proteome in the Rat.
Nutrients. 2021 Oct 22;13(11):3719. doi: 10.3390/nu13113719. PMID: 34835975 *
21. Pouliquen DL, Boissard A, Henry C, Blandin S, Coqueret O, Guette C.
Lymphoid Organ Proteomes Identify Therapeutic Efficacy Biomarkers Following the Intracavitary Administration of Curcumin in a Highly Invasive Rat Model of Peritoneal Mesothelioma.
Int J Mol Sci. 2021 Aug 9;22(16):8566. doi: 10.3390/ijms22168566. PMID: 34445271; PMCID: PMC8395293.
22*. Ben Saad A, Vauthier V, Lapalus M, Mareux E, Bennana E, Durand-Schneider AM, Bruneau A, Delaunay JL, Gonzales E, Housset C, Aït-Slimane T, Guillonneau F, Jacquemin E, Falguières T.
RAB10 Interacts with ABCB4 and Regulates Its Intracellular Traffic.
Int J Mol Sci. 2021 Jun 30;22(13):7087. doi: 10.3390/ijms22137087. PMID: 34209301 *
23*. Kamaliddin C, Guillochon E, Salnot V, Rombaut D, Huguet S, Guillonneau F, Houzé S, Cot M, Deloron P, Argy N, Bertin GI.
Comprehensive Analysis of Transcript and Protein Relative Abundance During Blood Stages of Plasmodium falciparum Infection.
J Proteome Res. 2021 Feb 5;20(2):1206-1216. doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00496. PMID: 33475364 *
24*. Just PA, Charawi S, Denis RGP, Savall M, Traore M, Foretz M, Bastu S, Magassa S, Senni N, Sohier P, Wursmer M, Vasseur-Cognet M, Schmitt A, Le Gall M, Leduc M, Guillonneau F, De Bandt JP, Mayeux P, Romagnolo B, Luquet S, Bossard P, Perret C.
Lkb1 suppresses amino acid-driven gluconeogenesis in the liver.
Nat Commun. 2020 Nov 30;11(1):6127. doi: 10.1038/s41467-020-19490-6. PMID: 33257663 *
25*. Hermand P, Azouzi S, Gautier EF, Guillonneau F, Bondet V, Duffy D, Dechavanne S, Tharaux PL, Mayeux P, Le Van Kim C, Koehl B.
The proteome of neutrophils in sickle cell disease reveals an unexpected activation of interferon alpha signaling pathway.
Haematologica. 2020 Dec 1;105(12):2851-2854. doi: 10.3324/haematol.2019.238295. PMID: 33256386 *
26. Pouliquen DL, Boissard A, Henry C, Blandin S, Richomme P, Coqueret O, Guette C.
Curcumin Treatment Identifies Therapeutic Targets within Biomarkers of Liver Colonization by Highly Invasive Mesothelioma Cells-Potential Links with Sarcomas.
Cancers (Basel). 2020 Nov 16;12(11):3384. doi: 10.3390/cancers12113384. PMID: 33207594
27*. Miloudi H, Bohers É, Guillonneau F, Taly A, Gibouin VC, Viailly PJ, Jego G, Grumolato L, Jardin F, Sola B.
XPO1E571K Mutation Modifies Exportin 1 Localisation and Interactome in B-cell Lymphoma.
Cancers (Basel). 2020 Sep 30;12(10):2829. doi: 10.3390/cancers12102829. PMID: 33007990 *
28. Nader JS, Boissard A, Henry C, Valo I, Verrièle V, Grégoire M, Coqueret O, Guette C, Pouliquen DL.
Cross-Species Proteomics Identifies CAPG and SBP1 as Crucial Invasiveness Biomarkers in Rat and Human Malignant Mesothelioma.
Cancers (Basel). 2020 Aug 27;12(9):2430. doi: 10.3390/cancers12092430. PMID: 32867073
29*. Le Goff S, Boussaid I, Floquet C, Raimbault A, Hatin I, Andrieu-Soler C, Salma M, Leduc M, Gautier EF, Guyot B, d'Allard D, Montel-Lehry N, Ducamp S, Houvert A, Guillonneau F, Giraudier S, Cramer-Bordé E, Morlé F, Diaz JJ, Hermine O, Taylor N, Kinet S, Verdier F, Padua RA, Mohandas N, Gleizes PE, Soler E, Mayeux P, Fontenay M.
p53 activation during ribosome biogenesis regulates normal erythroid differentiation.
Blood. 2021 Jan 7;137(1):89-102. doi: 10.1182/blood.2019003439. PMID: 32818241 *
30*. Hormi M, Birsen R, Belhadj M, Huynh T, Cantero Aguilar L, Grignano E, Haddaoui L, Guillonneau F, Mayeux P, Hunault M, Tamburini J, Kosmider O, Fontenay M, Bouscary D, Chapuis N.
Pairing MCL-1 inhibition with venetoclax improves therapeutic efficiency of BH3-mimetics in AML.
Eur J Haematol. 2020 Nov;105(5):588-596. doi: 10.1111/ejh.13492. PMID: 32659848 *
31. Pouliquen DL, Boissard A, Coqueret O, Guette C.
Biomarkers of tumor invasiveness in proteomics (Review).
Int J Oncol. 2020 Aug;57(2):409-432. doi: 10.3892/ijo.2020.5075. PMID: 32468071
32*. Herviou P, Le Bras M, Dumas L, Hieblot C, Gilhodes J, Cioci G, Hugnot JP, Ameadan A, Guillonneau F, Dassi E, Cammas A, Millevoi S.
hnRNP H/F drive RNA G-quadruplex-mediated translation linked to genomic instability and therapy resistance in glioblastoma.
Nat Commun. 2020 May 27;11(1):2661. doi: 10.1038/s41467-020-16168-x. PMID: 32461552. *
33*. Gautier EF, Leduc M, Ladli M, Schulz VP, Lefèvre C, Boussaid I, Fontenay M, Lacombe C, Verdier F, Guillonneau F, Hillyer CD, Mohandas N, Gallagher PG, Mayeux P.
Comprehensive proteomic analysis of murine terminal erythroid differentiation.
Blood Adv. 2020 Apr 14;4(7):1464-1477. doi: 10.1182/bloodadvances.2020001652. PMID: 32282884. *
34. Jézéquel P, Patsouris A, Guette C, Juin PP, Campone M.
RE: Immune Checkpoint Profiles in Luminal B Breast Cancer (Alliance).
J Natl Cancer Inst. 2020 Aug 1;112(8):863-864. doi: 10.1093/jnci/djaa037. PMID: 32191300.
35*. Rouis O, Broussard C, Guillonneau F, Boulé JB, Delagoutte E.
Identification of hemicatenane-specific binding proteins by fractionation of HeLa nuclei extracts.
Biochem J. 2020 Jan 31;477(2):509-524. doi: 10.1042/BCJ20190855. PMID: 31930351 *
36*. Ahmad R, Lahuna O, Sidibe A, Daulat A, Zhang Q, Luka M, Guillaume JL, Gallet S, Guillonneau F, Hamroune J, Polo S, Prévot V, Delagrange P, Dam J, Jockers R.
GPR50-Ctail cleavage and nuclear translocation: a new signal transduction mode for G protein-coupled receptors.
Cell Mol Life Sci. 2020 Dec;77(24):5189-5205. doi: 10.1007/s00018-019-03440-7. PMID: 31900622. *
37*. Sohier P, Sanson R, Leduc M, Audebourg A, Broussard C, Salnot V, Just PA, Pasmant E, Mayeux P, Guillonneau F, Romagnolo B, Perret C, Terris B.
Proteome analysis of formalin-fixed paraffin-embedded colorectal adenomas reveals the heterogeneous nature of traditional serrated adenomas compared to other colorectal adenomas.
J Pathol. 2020 Mar;250(3):251-261. doi: 10.1002/path.5366. PMID: 31729028 *
38. Nader JS, Guillon J, Petit C, Boissard A, Franconi F, Blandin S, Lambot S, Grégoire M, Verrièle V, Nawrocki-Raby B, Birembaut P, Coqueret O, Guette C, Pouliquen DL.
S100A4 is a Biomarker of Tumorigenesis, EMT, Invasion, and Colonization of Host Organs in Experimental Malignant Mesothelioma.
Cancers (Basel). 2020 Apr 10;12(4):939. doi: 10.3390/cancers12040939. PMID: 32290283
* Collaborative publications as former Cochin-UPC’s 3P5 Proteomics Platform manager
Savoir-faire
Prestations de services
Les capacités ou expertises mutualisées
- Expertise pour la prise en charge de projets en protéomique et réalisation de designs expérimentaux
- Identification de protéines à partir d'échantillons complexes (tumeurs congelées ou Fixées « FFPE », lysats de cellules cultivées, sérum ou plasma) et leur quantification relative « Label-Free » (LFQ) : DDA ou DIA-PASEF
- Identification de partenaires de molécules appâts: analyse d'expériences de Co-immunoprécipitation (AP-MS)
- Analyse des interactomes de proximité grâce à la technique BioID/APEX et Caspex (pour identifier spécifiquement les protéines proches du promoteur d'un gène cible)
- Analyse de fractions secrétées (solubles ou exosomales)
- Analyse de phosphopeptides par enrichissements ultrasélectif « Easyphos ».
- Analyse des fichiers bruts sur Spectronaut® et DIA-NN, dépôts en repositories pour publications.
- Analyses statistiques préliminaires de validation et exposé des résultats selon les standards du domaine.
La charte d’utilisation
Elle est validée par le comité de pilotage de la plateforme et disponible par ce lien.
Toute demande de collaboration, d’analyse ou de devis doit transiter par l’adresse email labo.proteomique @ ICO.unicancer.fr. Les demandes très conséquentes pouvant faire l’objet d’investissements lourds, en matériel ou en ressources humaines, doivent au préalable associer la plateforme à la réflexion. Celle-ci pourra éventuellement faire appel à son conseil scientifique d’experts extérieurs.
Des conseils de préparation et les tarifs
Hors contexte académique, les conseils auprès des organismes privés sont considérés comme une activité de « consulting ». L’activité protéomique est réalisée en collaboration ou prestation (les tarifs s’appuyant sur un calcul des coûts complets selon la charte des bonnes pratiques AVIESAN 2013) et les tarifs pour chaque type d’analyse sont disponibles auprès de l’équipe.
Des postes de travail
Dédiés au retraitement de données, ils sont accessibles sur site, à la demande.
Des formations spécifiques protéomique
Elles peuvent être dispensées sur demande auprès de l’équipe pour des projets de long terme ou plus ponctuellement pour les étudiants en cycle LMD des équipes.
Un projet d’investissement pour la méthodologie
Une enquête sur l’emploi de matériel de découpage et d’isolation à l’échelle cellulaire et sub-cellulaire est en cours (voir paragraphe projets de l’unité). Il permettrait de manipuler des quantités infimes de protéines sans risque de perte ou de « contaminations » afin de bénéficier de la pleine puissance des appareils d’analyse installés en 2022 (TimsTOF pro2 et ses chromatographes : voir photo). Ces appareillages ultraprécis et robustes permettent d’identifier et quantifier 4 à 6 fois plus de protéines dans un lysat en utilisant un dixième de la quantité auparavant nécessaire.
Les échantillons
Après traitement pour analyse protéomique, si une partie est inutilisée, le restant est susceptible d’être conservé jusque 3 mois après rendu des résultats.
Les données numériques
Elles sont sauvegardées, annotées et conservées sous un format exploitable et consultable, éventuellement déposées sur sites spécialisés publics pour accompagner les publications et sont susceptibles d’être effacées après 10 ans sans projet de publication avéré.
Contacts
Adresse postale
ANGERS
ICO Angers
15, rue André Boquel
49055 Angers
02 41 35 27 00
Responsable(s)
François Guillonneau
Contacts
Toute demande d’analyse ou de devis doit transiter par l’adresse mail labo.proteomique @ ico.unicancer.fr.
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